Depuis le 1er septembre 2026, la durée de prescription des arrêts maladie est encadrée par de nouveaux plafonds : 31 jours pour un arrêt initial, 62 jours pour chaque prolongation.
Ces limites peuvent toutefois être dépassées lorsque la situation du patient le justifie.
Pour les entreprises, cette réforme pourrait surtout se traduire par un suivi administratif plus fréquent des absences de longue durée.
Par Philippe Suard
Deux plafonds pour encadrer les prescriptions
La loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 a posé le principe d’une limitation de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières.
Elle renvoyait à un décret le soin de fixer les plafonds applicables, sans pouvoir les établir en dessous d’un mois pour une première prescription et de deux mois pour une prolongation (Articles L.162-4-1 et L.162-4-4 du Code de la sécurité sociale)
Le décret du 12 juin 2026 retient ainsi les durées maximales suivantes :
- 31 jours pour la prescription initiale ;
- 62 jours pour chaque prolongation.
Ces plafonds concernent les arrêts de travail pour maladie prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme (Art. R. 162-1-7-1 CSS).
La distinction est essentielle : ces durées s’apprécient prescription par prescription.
Elles ne constituent pas une durée maximale globale d’absence et ne signifient donc pas qu’un salarié doit reprendre le travail au terme de 31 ou de 62 jours.
Des prolongations successives restent possibles lorsque son état de santé le nécessite, dans les conditions applicables.
Ces nouvelles limites concernent les prescriptions initiales et les prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
Un arrêt prescrit avant cette date n’est donc pas raccourci du seul fait de l’entrée en vigueur du texte.
En revanche, une prolongation établie depuis cette date relève du nouveau plafond de 62 jours, sous réserve d’une dérogation médicalement justifiée.
Un dépassement possible sur justification médicale
Le dispositif préserve une faculté de dérogation.
Le prescripteur peut établir un arrêt initial ou une prolongation dépassant le plafond s’il en justifie la nécessité sur la prescription, au regard de la situation du patient et en tenant compte, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé (CSS, art. L. 162-4-1 et L. 162-4-4).
Un arrêt supérieur à 31 jours, ou une prolongation supérieure à 62 jours, n’est donc pas nécessairement irrégulier.
Le plafonnement impose un encadrement de la prescription, tout en permettant au professionnel de santé de l’adapter aux besoins du patient.
Pour l’employeur, un suivi des échéances à renforcer
Le décret s’adresse aux prescripteurs et ne crée pas, en lui-même, de nouvelle formalité à la charge de l’entreprise.
Ses conséquences pratiques dépendront toutefois des prescriptions délivrées :
En l’absence de dérogation, certaines absences longues pourront nécessiter davantage de prolongations, et donc davantage de justificatifs à réceptionner et à traiter.
Pour les services RH et paie, l’enjeu consiste à suivre les dates de fin d’arrêt, à s’assurer de la réception des prolongations et à actualiser les périodes d’absence prises en compte en paie.
Cette vigilance doit cependant conserver sa juste portée : le seul dépassement des plafonds ne suffit pas à considérer l’absence comme injustifiée, puisque les textes autorisent expressément des prescriptions plus longues sur justification médicale.